След приключването на президентския му мандат през януари 1997 г. той основава Фондация "Д-р Желю Желев", чиято цел е възпитание на младежта в демократичен дух. През май 2001 г. основава Балканския политически клуб, в който членуват политици и интелектуалци от балканския регион.

Автор е на книгите: "Самодейното изкуство в условията на научно-техническата революция" (1976 г.), "Модалните категории" (1978 г.), "Физическата култура и спорта в урбанизираното общество" (1979 г.), "Фашизмът" (1982 г. и 1990 г.), "Човекът и неговите личности" (1991г.), "Релационна теория за личността" (1993 г.), "Интелигенция и политика. Статии, есета, речи, интервюта" (1995 г.), "Реалното физическо пространство" (1996 г.), "Новата висша политика на България и НАТО" (1995 г.), "Обръщения на Президента към народа и Парламента" (1996 г.), "В голямата политика" (1998 г.), "Политически речи 1962-2002 г." (2003 г.).

Д-р Желю Желев е доктор хонорис кауза на: Грейсланд колидж в щата Айова, САЩ (1992 г); Университета в гр.Мейн - САЩ (1993 г.); Университета в Тел Авив (1993 г.); Университета Хатидже в Анкара (1994 г.); Университета в Сеул (1995 г.); Университада Модерна в Лисабон (1995 г.), Американския университет в България (1996 г.) Славянския университет в Баку, Азербайджан (2002 г.); Югозападния университет "Неофит Рилски" (2004 г.).

Той е носител на наградата "Катерина Медичи", присъдена му от Международната Академия "Медичи" (1991 г.); на международната награда с медал "За заслуги към Европа" (1993 г.) и на наградата "Преход", разделена с Ицхак Рабин /посмъртно/, връчена в Кранс Монтана (1996 г.).

Заедно с това Д-р Желев е удостоен с най-високите държавни отличия на Франция, Испания, Португалия и Венецуела.