Джон Кристофър Деп II е роден на 9 юни 1963 г. в Оуенсборо, Кънектикът. Най-малкото от четирите деца на сервитьорката Бети Сю Палмър и строителния инженер Джон Кристофър Деп. В детството си Деп се мести често, като накрая семейството му се установява в Мирамар, Флорида. Родителите му се развеждат през 1978 г., когато Деп е на 15 години. Майка му се омъжва отново за Робърт Палмър, който Джони смята за вдъхновение.

Деп получава китара от майка си, когато е 12- годишен, а на 16 напуска гимназия и решава да развие своята музикална кариера с групата „Kids“. Премества се в Лос Анджелис, а през 1983 г. се жени за гримьорката Лори Ан Алисън. Тя успява да убеди своя приятел Никълъс Кейдж да говори с режисьора Уес Крейвън и така урежда първото прослушване на Деп. Той дебютира с филма „Кошмар на улица Елм“ (1984), където изиграва тийнейджър, изяден от собственото си легло. Развежда се с Алисън на следващата година.

Професионалният пробив на Деп е през 1987 г. в сериала „21 Jump Street“, където изиграва млад полицай, който влиза под прикритие в гимназии и колежи. През 1990 г. напуска успешния сериал, за да участва във филма на Джон Уотърс „Cry-Baby“ и в „Едуард Ножиците“ на Тим Бъртън. Връзката между актьора и Бъртън остава силна и заедно правят още няколко проекта, както и едни от най-запомнящите се образи на Деп. След „Едуард Ножиците“ идва „Ed Wood“ (1994), „Sleepy Hollow“ (1999), „Чарли и шоколадовата фабрика“ (2005) и анимацията „Булката труп“ (2005).

Следващата година е номиниран отново за „Да намериш Невърленд“, където изиграва Джеймс М. Бари, създателят на историята за Питър Пан. След това се включва и в следващите части на Карибски пирати: "Сандъкът на мъртвеца" (2006), "На края на света" (2007), "В непознати води" (2011), "Отмъщението на Салазар" (2017). През 2007 г. Деп се завръща с още един филм на Бъртън - „Суини Тод: Бръснарят Демон от Флийт Стрийт“, който му носи и още една номинация за Оскар.