Погребението на Палах изиграва ролята на въведение във всичко онова, което самозапалването му поражда. То се превръща в митинг срещу мълчанието. Вдъхновен от Ян, също както става у нас, е известни са поне още два случай на самозапалване. Извършват го друг студент на име Ян Зайиц и Евжен Плоцек.

Уплашени от всичко това, властите се изсилват. Също както Евита, Палах е изваден от гроба, за да не се превръща той в своеобразно светилище или духовно средище на "метежници".

С тази цел е извършена тайна операция по изваждането на Ян от последния му дом. Тайната полиция го гори още веднъж. След кремацията прахът му е изпратен на неговата майка в родния му град Вшетати. В пражкия гроб на Палах е положено тяло на неизвестна жена.
 
Урната с праха на Ян обаче не е поставена на публично място, а на родителката е позволено да я държи единствено у дома си. Едва през 1974 г. – цели пет години след смъртта и първото погребване на Ян, тленните му останки във вид на шепа пепел, са положени в местното гробище, недалеч от родната му къща.
Всичко изглежда забравено, тихо и спокойно. Докато 20-годишнината от смъртта на Палах не става повод студентите в Прага през 1989 г. да организират масови вълнения, наречени Седмица в памет на Ян.

Полицията бие протестиращите през зимата на 1989 г. Но през пролетта на същата година режимът на Густав Хусак – руският наместник на чешкия президентски пост, е свален и е заменен с по-млад екип на соцпартията. Дубчек се връща с идеята за социализъм с човешко лице, но през есента на същата година рухва Берлинската стена, което донася и края на целия съветски блок. В самия край на 1989 г. властта е взета от най-видния пражки дисидент Вацлав Хавел.  Дубчек става шеф на парламента на новата демократична държава. Всичко това е наречено Нежна революция.

През 1990 г. Палах не само е върнат в своя гроб, но в негова и на Зайиц чест е вдигнат специален монумент. Студентът официално е сравнен с друг Ян – Хус, изгорен на клада заради убежденията си през Средновековието. На Палах кръщават  площад в центъра на Прага и друг - в сърцето на втория по значимост чешки град Бърно. В Люксембург, Франция, Полша и Холандия също има улици кръстени на Ян Палах. В България във Варна има улица „Ян Палах”, на която се намира търговски център, наречен на студента. В Италия пък са кръстили на него младежка зала. Клубове, песни, стихове в цяла Европа, че даже и проза на самия Милан Кундера, са посветени на подвига на великия самоубиец.